El CEMSE cuenta con Unidades de Educación en La Paz y El Alto, atendidas por un equipo interdisciplinar, quienes trabajan en propuestas para el sistema educativo fiscal a nivel local y nacional, generando proyectos innovadores, prestando servicios a Unidades Educativas del sistema fiscal a través de aulas de apoyo para los niveles primario y secundario, laboratorios de química, física y biología, biblioteca, aulas de computación y servicios de comunicación, videoteca. Servicio con dos paginas web administradas por CEMSE www.cemse.org.bo y www.itsidanet.edu.bo, este último reconocido como el primer portal educativo en educación sexual para el trabajo con estudiantes, docentes y comunidad educativa en general.
El CEMSE es una de las pocas instituciones dedicadas a la salud escolar, cuenta con un centro de salud de atención primaria que está al servicio de las comunidades educativas de la red de escuelas y colegios y la comunidad en general de la zona norte de la ciudad de La Paz.
El CEMSE, como Centro de Recursos Pedagógicos cuenta con un área de producción de materiales audiovisuales e impresos que son elaborados en coordinación con las Unidades de Educación y Salud y utilizados en los procesos educativos de las unidades. Cuenta con equipos de producción proyección y una sala audiovisual para 120 personas con pantalla gigante.
Se tiene un programa de formación permanente para docentes en las que se aborda la dimensión personal, profesional y social.
DINAMIZACIÓN SOCIAL:
El CEMSE está convencido de la necesidad de involucrar a los padres y madres de familia en el proceso educativo de sus hijos, por tanto se hace énfasis en el trabajo con la población adulta que conforman las comunidades educativas, para alcanzar su participación corresponsable.