La Gerencia de Planificación se encarga de la preparación, presentación, seguimiento y evaluación de proyectos del CEMSE, con entidades de apoyo al desarrollo y fundaciones internacionales y nacionales. También es responsable de las relaciones públicas del CEMSE a nivel nacional e internacional, se encarga de la elaboración seguimiento y evaluación del POA institucional y del Plan Estratégico, también se encarga de coordinar los Programas Universitarios del CEMSE.

En otro aspecto de funciones dentro la institución esta el difundir permanentemente los resultados del plan estratégico del CEMSE con el fin de lograr un reconocimiento legal y social a nivel local, nacional e internacional que viabilice la sustentabilidad institucional, haciendo funcionar una estrategia de medición de la calidad e impacto institucional y una estrategia de imagen y posicionamiento institucional, y el diseño y funcionamiento de una estrategia de captación de recursos.

Por último, la Gerencia de Planificación asesora a la Dirección Ejecutiva y a través de la supervición de Educación y Salud colabora en la coordinación de la marcha institucional.