La unidad de Planificación se encarga de la preparación, presentación, seguimiento y evaluación de proyectos del CEMSE, con entidades de apoyo al desarrollo y fundaciones internacionales y nacionales. También es responsable de las relaciones públicas del CEMSE a nivel nacional e internacional, se encarga de la elaboración seguimiento y evaluación del POA institucional y del Plan Estratégico, también se encarga de coordinar los Programas Universitarios del CEMSE.

En otro aspecto de funciones dentro la institución esta el difundir permanentemente los resultados del plan estratégico del CEMSE con el fin de lograr un reconocimiento legal y social a nivel local, nacional e internacional que viabilice la sustentabilidad institucional, haciendo funcionar una estrategia de medición de la calidad e impacto institucional y una estrategia de imagen y posicionamiento institucional, y el diseño y funcionamiento de una estrategia de captación de recursos.

Por último, la unidad de Planificación asesora a la Dirección Ejecutiva y colabora en la coordinación de la marcha institucional. Tiene al Departamento de Evaluación y Calidad como parte de su estructura.

Un componente importante del CEMSE, que apoya las acciones de educación y salud, es el Departamento de Evaluación y calidad, en el se centraliza toda la información necesaria para la planificación y verificación de actividades. La información recopilada se convierte en estadísticas que periódicamente son sometidas a un análisis cuantitativo y cualitativo para la evaluación de las actividades institucionales. Este departamento también tiene a su cargo la elaboración de sistemas informáticos y bases de datos para uso institucional y para proveer la información necesaria a todas las instancias..